Từ năm 1996, Bộ Giáo dục và Đào tạo chủ trương không tổ chức lớp chuyên ở hệ tiểu học và THCS. Một năm sau, các trường năng khiếu ở hai bậc học này bị xóa bỏ.Khoảng 10 năm gần đây, nhiều tỉnh mở trường trọng điểm, tiên tiến, chất lượng cao. Các trường được đầu tư về giáo viên, cơ sở vật chất, sĩ số thấp hơn chuẩn; được tổ chức thi tuyển thay vì xét theo địa bàn cư trú như thông thường, trên tinh thần tự nguyện.
Từ một trường THCS chất lượng cao ban đầu năm 2009, hiện Hà Nộicó 6 trường theo mô hình này, là hệ THCS của trường THPT chuyên Hà Nội - Amsterdam (Ams2), Cầu Giấy, Nam Từ Liêm, Lê Lợi, Thanh Xuân, Chu Văn An. Học phí từ 3 đến 5 triệu đồng mỗi tháng.
TP HCMcó hệ THCS của trường chuyên Trần Đại Nghĩa. Ngoài ra, từ năm 2015, thành phố triển khai chương trình chất lượng cao "tiên tiến, hội nhập quốc tế". Đến nay, bậc THCS có 12 trường theo mô hình này, học phí khoảng 1,7 triệu đồng mỗi tháng.
Nghệ An từ năm 2019 thí điểm xây dựng 9 trường THCS trọng điểm. Bắc Giang triển khai đề án xây dựng trường THCS trọng điểm từ năm 2015, cho phép một số trường được tuyển thêm 1-2 lớp không phân tuyến.
Các địa phương, chuyên gia cho rằng việc phát triển trường trọng điểm, chất lượng cao là cần thiết, vì nhiều lý do.
